Az Európai Parlament legfontosabb kinevezési jogköre az Európai Bizottság megválasztására vonatkozik. A Maasrtichti[1], az Amsterdami[2] és a Nizzai Szerződés által bevezetett rendelkezéseknek nyomán mind a Bizottság elnökének megválasztásánál, mint az egész testület megválasztásánál jóváhagyási joggal rendelkezik a Parlament.

Az elnök megválasztása a következő módon zajlik: a tagállamok minősített többségi döntés alapján beterjesztik elnökjelöltjüket a Parlament elé, aki az EP plenáris ülése előtt ismerteti politikai elképzeléseit. Az elnökjelölt beszámolóját vita követi, majd a képviselők titkos szavazással hoznak döntést a jelöltről. A leadott szavazatok többségének függvényében a Parlament vagy jóváhagyja, vagy elutasítja a jelöltet. Utóbbi esetben a tagállamok kormányai új jelöltet kötelesek állítani.  

Amennyiben az elnökjelölt személyét a parlament jóváhagyta, a frissen megválasztott elnök és a tagállamok kormányainak közös feladata, hogy az egyes biztosi tisztségekre alkalmas jelölteket találjon, s ezt követően választottjaikat be kell terjeszteni a Parlament elé. A biztosjelölteket először a jövendő hatáskörük szerinti illetékes bizottságok hallgatják meg, majd a Bizottság elnöke a Parlament plenáris ülésén bemutatja az egyes biztosjelölteket, illetve azok programját.  A bemutatás után vita következik, aztán a képviselők név szerint szavaznak a Bizottság - mint testület - jóváhagyásáról. Tehát a Parlament kollektívan dönt a testületről, azaz az egyes jelölteket külön-külön nem, csak a Bizottság egészének kinevezését hagyhatja jóvá, illetve utasíthatja el.

[1] a Parlament a Bizottság elnökének jelölésében konzultációs, az egész biztosi kollégium kinevezésében pedig jóváhagyási jogot kapott (1993-1999)

[2] a Parlament már nem csak konzultációs, hanem jóváhagyási jogkört kapott a bizottság elnökének kinevezésében is (1999 óta, és jelenleg is ez hatályos)