Az Európai Parlament székhelye nem egyetlen városban van, hanem háromban: Brüsszelben (Belgium), Luxemburgban és Strasbourgban (Franciaország). A Közgyűlés kialakításának gondolata a Benelux államok nyomására került bele az Európai Szén- és Acélközösség (ESZAK) szerződésébe (1951. április 18.), és plenáris üléseit Strasbourgban tartotta kompromisszumos megoldásként; a többi fontos intézmény Luxembourgban kapott helyet.

            A legfőbb székhely Strasbourg, azonban a legtöbb parlamentáris bizottság Brüsszelben folytatja tevékenységét, míg a főtitkárság Strasbourgban kapott helyett. Ennek a megosztottságnak természetesen történelmi okai vannak, és az Amszterdami Szerződés (1999.) rögzítette.

            Még 1951-ben a Szén- és Acélközösség intézményeit Brüsszelben akarták elhelyezni, és ebben mindegyik alapító tag egyet értett, kivéve Belgium akkori miniszterelnökét, aki Liege-t képzelte el székhelynek. Mivel ilyen döntésekhez egyhangúság kellett, nem tudtak Brüsszelben megegyezni, és így Luxemburg lett a székhely. Ez problémát okozott az ESZAK Parlamentáris Közgyűlésének, hiszen nem talált olyan nagy termet, mely be tudta volna fogadni a Közgyűlés tagjait. Kézenfekvő megoldásnak tűnt, hogy igénybe vegyék az Európa Tanács Strasbourgban lévő székhelyét.

            Miután 1957-ben létrejött az Európai Gazdasági Közösség, egyre több tevékenység került Brüsszelbe, bár a pénzügyi és jogi intézmények Luxemburgban maradtak. Az Európai Parlamentáris Közgyűlés - melyet 1962-től kezdve Európai Parlamentnek (EP) hívnak - fokozatosan teljesen áthelyezte tevékenységeit Brüsszelbe, melyet Derek Prag EP képviselő 1968-ban benyújtott javaslatára közelebb hozták a Tanács és a Bizottság székhelyéhez. A parlamentáris ülések színhelye Strasbourg maradt ugyan, de Brüsszelben is tarthattak már üléseket. Jelenleg is ez a helyzet, az érdemi munka Brüsszelben folyik, ott vannak a képviselő-irodák, de a plenáris ülésekre átjárnak Strasbourgba.

            Sok éven át elhúzódó vita bontakozott ki Franciaország és Belgium között a tekintetben, hogy hol legyen az Európai Parlament végső székhelye. Végül 1992-ben sikerült megegyezést elérni az edinburgh-i csúcson: Strasbourg maradt a fő székhely, évente 12 plenáris üléssel, de a bizottsági, politikai munka és a plenáris üléseken kívül összehívott ülések színhelye továbbra is Brüsszel marad. Ezt az Amszterdami Szerződés rögzítette, mely 1999-ben lépett hatályba. Megépült az EP saját épülete is, nem használta